ChemdrawのPage setupからページ向きを横向き、ペーパーサイズをA4に設定した後に、

ファイルを保存して閉じる>再度開く

を行うと、ペーパーサイズがA5に変更されてしまいます。

ページ向きが縦向きであれば問題ないようですが、横向きでつかうことがほとんどなので、

何か解決策があれば教えていただけないでしょうか？

Chemdraw 16.0.1.4(61)

macOS 10.12.4

大変恐れ入りますが、この問題は既に弊社の開発者に報告されていました。今後のバージョンで修正させていただきたいと思います。