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Topic Title: ChemBioOffice单机版最常见10大问题
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Created On: 5/30/2012 3:55 AM
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 5/30/2012 3:55 AM
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Cynthia Xingtan..

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1) PKI-Informatics的产品是否有预测IR,GC或其他类型光谱的功能?
2) ChemDraw/Excel的功能及用途?
3) PKI软件如何帮我识别质量碎片?
4) ChemBioDraw Ultra及ChemDraw Ultra中的ChemNMR功能使用的溶剂及预测方法是什么?
5) ChemBio3D可以显示哪种分子表面?
6) ChemBio3D能够显示什么类型的文件?
7) LogP及ClogP是如何计算的?
8) 软件提供的那个程序可以计算pKa?
9) ChemDraw可以打开用 ISIS/Draw或其他化学绘制程序创建的文件么?
10) Chemfinder for office的作用?

1) PKI-Informatics的产品是否有预测IR,GC或其他类型光谱的功能?
ChemBio3D Ultra
可通过其与第三方软件的接口程序来预测光谱,例如GAMESGaussianMOPAC。这些程序都可以预测IRRaman光谱。GAMESS程序直接嵌入在ChemBio3D中,其他的第三方软件需要单独购买。

 5/30/2012 3:57 AM
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Cynthia Xingtan..

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2) ChemDraw/Excel的功能及用途


ChemDraw/Excel
包含在ChemDraw Ultra软件包中,这一插件使您的Excel表格化学智能化。科学家使用这一ChemDraw/Excel插件功能可将分子导入到电子表格中,以我们熟悉的Excel计算方式批量计算表格中分子的化学性质,并可进行统计/筛选或生成表格。

您可以将已有的普通Excel表格转为化学智能的表格,从SDF文件导入结构式及数据,并可在Excel中激活ChemDraw的绘图界面。数据可以导出成SD文件,ChemDraw文件或其他PKI-informatics程序识别的格式。

ChemDraw/Excel电子表格中可以进行结构搜索。而对于拥有大量数据的用户,PKI为您提供的ChemBioFinder可作为您的本地化合物数据库管理工具。

 5/30/2012 3:57 AM
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Cynthia Xingtan..

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3) PKI软件如何帮我识别质量碎片?

ChemDraw的所有版本(std及之上)都含有辅助质谱碎片分析的工具(注意,并不是预测)。分析窗口(Analysis window)中的“m/z”区域及图示显示整个分子的同位素分丰度,与分子的质谱碎片相匹配。ChemDraw的质量碎片工具显示出所选择碎片的精确质量,来帮助用户解释质谱数据。

 5/30/2012 3:59 AM
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Cynthia Xingtan..

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4) ChemBioDraw UltraChemDraw Ultra中的ChemNMR功能使用的溶剂及预测方法是什么?

当前的ChemNMR版本并没有设定溶剂。非活泼质子不受溶剂影响,因此NMR对这些质子的预测有一个较高的可信度。溶剂对活泼质子有影响,因此对这些质子的预测可能得到“rough”结果。所有基值是基于Pretsch编写的《有机化合物结构确定用光谱数据表》的值为参考。

用户也可以使用ChemBio3D UltraGAMESSGaussian的接口进行预测计算。

 5/30/2012 4:11 AM
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Cynthia Xingtan..

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5) ChemBio3D可以显示哪种分子表面?

Surface Type

Extended Hückel

MOPAC

Gaussian

Solvent Accessible

N/A

N/A

N/A

Connolly Molecular

Yes

Yes

Yes

Total Charge Density

Yes

Yes

Yes

Molecular Orbital Map

Yes

Yes

Yes

Spin Density Map

No

Yes

Yes

Partial Charges

Yes

Yes

Yes

Molecular Electrostatic

Potential Map

No

Yes

Yes

Total Spin Density

No

Yes

Yes

Molecular Electrostatic

Potential

No

Yes

Yes

Molecular Orbitals

Yes

Yes

Yes

 5/30/2012 4:13 AM
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Cynthia Xingtan..

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5) ChemBio3D可以显示哪种分子表面?

下表显示了可用不同方法计算的表面:

Surface Type

Extended Hückel

MOPAC

Gaussian

Solvent Accessible

N/A

N/A

N/A

Connolly Molecular

Yes

Yes

Yes

Total Charge Density

Yes

Yes

Yes

Molecular Orbital Map

Yes

Yes

Yes

Spin Density Map

No

Yes

Yes

Partial Charges

Yes

Yes

Yes

Molecular Electrostatic

Potential Map

No

Yes

Yes

Total Spin Density

No

Yes

Yes

Molecular Electrostatic

Potential

No

Yes

Yes

Molecular Orbitals

Yes

Yes

Yes

 5/30/2012 4:15 AM
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Cynthia Xingtan..

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6) ChemBio3D能够显示什么类型的文件?

ChemBio3D能够显示任何用ChemDraw程序绘制的化合物。您可以在Chem3DChemDraw面板中通过绘制2D结构来显示其3D模型。

ChemBio3D UltraPro可以从多种来源读取及保存PDBCCDB格式的文件。ChemBio3D的“Online: Find Structure”功能支持从Brookhaven National Lab下载在线的PDB数据。

ChemBio3D可以打开或存储近50种文件格式,请见下表:

file type

open?

save As?

Chem3D XML (.c3xml)

X

X

Chem3D 8.0 (.c3d, .c3t)

X

X

Chem3D 3.2 (.c3d)

X

X

Alchemy (.alc, .mol)

X

X

Cart Coords 1 (.cc1)

X

X

Cart Coords 2 (.cc2)

X

X

CCDB (.ccd, .dat)

X

ChemDraw (.cdx)

X

X

ChemDraw XML (.cdxml)

X

X

Chemical Markup Language (.cml, .xml)

X

X

Conn Table (.ct, .con)

X

X

Gamess Input (.inp)

X

X

Gaussian Input (.gif, .gjc)

X

X

Gaussian Checkpoint (.fchk, fch)

X

Gaussian Cube (.cub)

X

Int Coords (.int)

X

X

ISIS Sketch (.skc)

X

X

ISIS Transportable Graphics (.tgf)

X

X

MacroModel (.mcm, .dat, .out)

X

X

MDL MolFile (.mol)

X

X

MDL MolFile 3000 (.mol)

X

X

mmCIF (.cif)

X

X

MSI ChemNote (.sms)

X

X

MOPAC Input (.mop, .dat, .mpc, .zmt)

X

X

MOPAC Graph (.gpt)

X

Protein Data Bank (.pdb, .ent)

X

X

Schrodinger Maestro (.mae)

X

X

ROSDAL (.rdl)

X

SDFile (.sdf)

X

X

SMD File (.smd)

X

X

SYBYL (.sml)

X

X

SYBYL2 (.mol2, .sm2, .ml2)

X

X

Tinker MM2 Input (.xyz)

X

X

Tinker MM3 Input (.xyz)

X

X

Tinker MM3 (Proteins) Input (.xyz)

X

X

 5/30/2012 4:17 AM
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Cynthia Xingtan..

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7) LogPClogP是如何计算的?

ChemBioDraw UltraChemBioViz以及ChemDraw/Excel含有LogPClogP的计算功能,这些数据是基于发表过的算法计算出来的。

ClogP是由叫做“BioByte”的第三方程序计算的。详细内容可访问其网站:http://www.biobyte.com/index.html

根据BioByte网站的说明,软件“通过CLOGPCMR计算分子疏水性及摩尔折射率已成为国际标准十几年了”(BioByte1993-2006

 5/30/2012 4:19 AM
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Cynthia Xingtan..

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8) 软件提供的那个程序可以计算pKa?

通过ChemDraw Ultra的化学性质报告(Chemical Properties Report)功能可以查看一些分子的pKa。

PKI信息学的产品中还有各种类型的数据库,在这些数据库中您也可以查到某些分子的pKa值。例如通过ChemBioDraw中的ChemBioFinder数据库入口,可以查询到某个分子在不同数据库中的信息。

ChemBioDraw UltraChemDraw Ultra中都提供接入到ChemBioFinder数据库的入口这一功能。

 5/30/2012 4:36 AM
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Cynthia Xingtan..

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9) ChemDraw可以打开用 ISIS/Draw或其他化学绘制程序创建的文件么?

ChemDraw既可打开也可保存ISIS/Draw等其他绘制程序创建的文件。

需要注意的是不同版本的ChemDraw的“另存为”功能也有所区别,如下表所示:

 5/30/2012 4:37 AM
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Cynthia Xingtan..

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9) ChemDraw可以打开用 ISIS/Draw或其他化学绘制程序创建的文件么?

ChemDraw既可打开也可保存ISIS/Draw等其他绘制程序创建的文件。

需要注意的是不同版本的ChemDraw的“另存为”功能也有所区别,如下表所示:

 5/30/2012 4:50 AM
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Cynthia Xingtan..

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Abbreviation

Product

CBDU

ChemBioDraw Ultra

CDU

ChemDraw Ultra

CDP

ChemDraw Pro

CDS

ChemDraw Standard

CDN

ChemDraw Net

CDPP

ChemDraw Pro Plugin (ActiveX)

CDNP

ChemDraw Net Plugin (ActiveX)

BDU

BioDraw Ultra

BDP

BioDraw Pro

Win

This feature is only available in Windows

 5/30/2012 4:57 AM
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Cynthia Xingtan..

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CBDU

CDU

CDP

CDS

CDN

CDPP

CDNP

BDU

BDP

Win

Read GIF, TIFF, PNG, JPEG, BMP

X

X

X

X

X

X

X

X

X

Insert ILE object in ChemDraw

X

X

X

X

X

X

X

X

Read JCAMP and Galactic spectrum files

X

X

X

X

X

X

Save GIF, TIFF, PNG, BMP, SVG

X

X

X

X

X

X

X

Save Macintosh PICT

X

X

X

X

X

X

X

Save EPS/Postscript

X

X

X

X

X

X

X

Save EPS with Preview

X

X

X

X

X

X

X

Save Windows MetaFile (WMF/EMF)

X

X

X

X

X

X

X

X

In-place OLE Editing of CD Objects

X

X

X

X

X

X

X

Save ChemDraw CDX and CDXML

X

X

X

X

X

X

X

Save ISIS SKC/TGF

X

X

X

X

Save SD, CMI, MSI ChemNote, SMD

X

X

X

X

Save Connection Table

X

X

X

X

Save MDL Mol/Rxn/RG, MDL MoIV300

X

X

X

X

 5/30/2012 5:02 AM
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Cynthia Xingtan..

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Joined: 5/20/2012

10) Chemfinder for office的作用?

ChemFinder for Office可以搜索电脑的存储设备,将其中保存的化合物的相关文件搜索出来,并以列表的形式显示。用户可将搜索到的化合物信息导出为SD文件,ChemDrawChemDraw/Excel都能自由打开使用这个文件。

如果用户需要,还可将SD文件导入到ChemFinder,从而将这些零散的数据整合存储到同一个数据库中。用户可以在ChemFinder数据库中搜索,管理及继续添加需要的物化性质的信息。

 10/31/2012 3:41 AM
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Jin

Posts: 2
Joined: 8/25/2011

2012(13)版的ChemDraw/Excel不兼容excel2013. 另外在win8下面,excel2010,chembiooffice12,在excel中导sdf文件时结构项是空的。但是可以在表格每个单元格中添加结构。
 11/2/2012 3:54 AM
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Sue

Posts: 226
Joined: 8/17/2009

您好,

由于我们的ChemDra/Excel v13.0和v12.0的开发分别在Excel 2013和Windows 8的发布之前,所以目前还不是完全支持Excel 2013和Windows 8。您可以参阅我们下面的兼容性信息。

http://www.cambridgesoft.com/s...dgeBase/Compatibility/
Windows 8
The current version of our software (version 13.0) was released prior to the release of Windows 8.

Initial testing has shown that there are no compatibility problems between ChemBioDraw, ChemBio3D and ChemBioFinder. Testing is ongoing between the E-Notebook and Inventory applications.

We hope to be able to provide full support for the operating system in the near future, but currently the Windows 8 OS is not officially supported.

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- PKI Support
 11/14/2012 6:41 PM
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dona

Posts: 11
Joined: 1/12/2012

你好。

各个软件单独运行还没有发现问题。我是在excel中使用chemfinder 发现这些问题的。

win8下,即便是chembiooffice2010 、ms excel 2010 当将一个sdf文件导入到excel中时,structure栏是空的(sdf文件本身没问题的),其他栏是有的。

chembiooffice2012和excel2013 也同样有这个问题。

 11/21/2012 3:38 AM
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Sue

Posts: 226
Joined: 8/17/2009

您好!

非常抱歉,目前我们的ChemBioOffice2012(ver.13.0)还不支持Windows 8和Excel2013。

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- PKI Support

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